基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院始建于1951年5月，原為白求恩醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，1992年改“部”為“院”，是吉林大學(xué)集基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教育與科研于一體的重要教學(xué)基地。

學(xué)院以醫(yī)學(xué)教育體制改革為契機(jī)，不斷更新教育觀念，深化教育改革，改善教學(xué)條件，辦學(xué)水平進(jìn)一步提高，逐步形成了自身特色和優(yōu)勢(shì)。學(xué)院現(xiàn)有教職員工239人，其中，教師161人，教授59人，副教授49人，博士生指導(dǎo)教師36人，國家級(jí)教學(xué)名師1人、1人、唐敖慶特聘教授5人。病理學(xué)國家級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)，省級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)4個(gè)。病理學(xué)國家級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)，省級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)5個(gè)。病理學(xué)國家級(jí)精品課程1門，省級(jí)精品課程8門，主編國家“十一五”、“十二五”規(guī)劃教材8部?！杜R床醫(yī)學(xué)課程整體優(yōu)化研究》和《病理學(xué)系列教材建設(shè)的理論和實(shí)踐》分別獲2001年和2009年國家教學(xué)成果二等獎(jiǎng)?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心于2012年被教育部、財(cái)政部批準(zhǔn)為國家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。

學(xué)院非常重視學(xué)科建設(shè)和科研工作，不斷提高創(chuàng)新意識(shí)，學(xué)科建設(shè)和科研水平明顯提升?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)覆蓋學(xué)院所有二級(jí)學(xué)科。現(xiàn)有病理生物學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)，教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個(gè)。近五年來，共獲得各類科研項(xiàng)目400余項(xiàng)，其中，973計(jì)劃2項(xiàng)，國家“十二五”科技重大專項(xiàng)1項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目1項(xiàng)，重大國際合作項(xiàng)目2項(xiàng)，面上項(xiàng)目68項(xiàng)。獲得省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)18項(xiàng)，其中國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、省發(fā)明獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、省科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)3項(xiàng)、三等獎(jiǎng)7項(xiàng)。作為第一單位發(fā)表SCI收錄論文300余篇。順利完成211二期工程、985二期工程的建設(shè)，目前正在進(jìn)行三期工程建設(shè)。