本系前身可溯至1899年秋京師大學(xué)堂設(shè)立的史學(xué)堂, 是近代中國(guó)最早建立的史學(xué)教育科系。1900年夏京師大學(xué)堂遭八國(guó)聯(lián)軍毀壞。1902年末，中國(guó)政府在恢復(fù)京師大學(xué)堂的章程中，規(guī)劃設(shè)立史學(xué)目，1903年改設(shè)中國(guó)史學(xué)門和萬國(guó)史學(xué)門。次年夏，京師大學(xué)堂開始進(jìn)行預(yù)備科和師范館的史學(xué)教育。1910年3月，京師大學(xué)堂分科大學(xué)（相當(dāng)于四年制本科）的中國(guó)史學(xué)門開始招生。

辛亥革命后，京師大學(xué)堂1912年5月改為國(guó)立北京大學(xué)。新文化運(yùn)動(dòng)中，北京大學(xué)的史學(xué)教育多方吸取近代世界新的科學(xué)理論、方法和知識(shí)，力求使學(xué)生獲得廣博的基礎(chǔ)知識(shí)，打下厚實(shí)的學(xué)術(shù)功底，練就精深的專業(yè)能力。五四運(yùn)動(dòng)后，1919年8月，校評(píng)議會(huì)依新制將中國(guó)史學(xué)門改稱史學(xué)系。

1937年7月，北京大學(xué)史學(xué)系的建設(shè)被日本全面侵華戰(zhàn)爭(zhēng)所打斷。部分師生隨校內(nèi)遷，與清華大學(xué)、南開大學(xué)的相關(guān)科系合組為國(guó)立西南聯(lián)合大學(xué)的歷史社會(huì)學(xué)系。抗戰(zhàn)勝利后，北大史學(xué)系1946年隨校北上復(fù)原。

1949年初，北平和平解放，北京大學(xué)進(jìn)入新的發(fā)展時(shí)期。1952年全國(guó)高等學(xué)校進(jìn)行院系調(diào)整時(shí)，由于清華大學(xué)歷史系和燕京大學(xué)歷史系一部分骨干教師的匯入，北京大學(xué)歷史學(xué)系的師資陣容進(jìn)一步壯大，在國(guó)內(nèi)外的學(xué)術(shù)地位益發(fā)突出。隨著形勢(shì)的發(fā)展，考古專業(yè)1983年從本系分出，獨(dú)立成系。

在中國(guó)近百年的歷史進(jìn)程中，本系培育了一代又一代具有歷史目光和淵博知識(shí)的人才，在各條戰(zhàn)線都發(fā)揮了積極作用。從本系畢業(yè)的學(xué)生中，成長(zhǎng)出一批批著名學(xué)者、革命者、愛國(guó)志士和社會(huì)賢達(dá)。在本系的教師行列里，涌現(xiàn)過李大釗、朱希祖、馬敘倫、馬衡、陳寅恪、陳翰笙、傅斯年、李濟(jì)、董作賓、孟森、錢穆、陳垣、陳受頤、顧頡剛、馮家升、張星烺、劉崇鋐、毛子水、姚從吾、鄭天挺、翦伯贊、張政烺、向達(dá)、鄧廣銘、周一良、齊思和、楊人楩、邵循正、蘇秉琦等杰出的史學(xué)家。實(shí)事求是的優(yōu)良學(xué)風(fēng)，嚴(yán)謹(jǐn)扎實(shí)的治學(xué)態(tài)度，承前啟后，代代相傳。